Береговая охрана (БОХР) Перу стала самостоятельной службой в 1975 году и укомплектована в основном бывшими катерами флота (пять больших, 17 речных и 10 портовых патрульных катеров).

Организационно флот включает пять военно-морских районов: Пиура, Кальяо, Арекипа, Пуэрто Мальдонадо и Икитос; соединение ВМС на Тихом океане (штаб в ГВМБ Кальяо), речную флотилию на р. Амазонка (ВМБ Икитос), соединение патрульных сил на оз. Титикака (ВМБ Пуно), военно-морское училище (ВМБ Ла Пунта), а также ряд пунктов базирования. Состояние корабельного состава, представленного кораблями иностранной постройки (немецкой, итальянской, голландской, французской, британской и американской) 1950 - 1980 годов, вызывает у командования флота серьезные опасения в его способности полномасштабного решения всех стоящих перед ВМС задач. Бюджетных средств, выделяемых правительством на содержание флота (около 800 млн долларов), недостаточно для осуществления необходимых программ модернизации надводных кораблей, подводных лодок и вооружений. Боеспособность флота поддерживается за счет организационных мероприятий, реструктуризации отдельных его компонентов, частичного обновления систем вооружения и обеспечения боевых кораблей основных классов в процессе их плановых ремонтов. Так, заменяются энергетические установки и обновляются ракетные системы на фрегатах УРО типа <Лупо>, что, как считается, позволит оставить их в строю еще в течение 20 лет; ведутся ремонтные работы на ПЛ типа <Ангамос> и корветах типа <Веларде>. Поддерживается тесная кооперация с ВМС соседних стран региона, некоторых стран НАТО и США путем участия флота в общих оперативно-тактических мероприятиях, подключения к программам подготовки личного состава и обмена технологическим опытом. Соединения кораблей ВМС Перу регулярно принимают участие в совместных учениях с ВМС Аргентины, Боливии, Бразилии, Чили, Колумбии, Эквадора, Франции, Италии, Панамы, Венесуэлы, США и с недавних пор Уругвая.

Морская пехота (штаб командования в г. Анкон) общей численностью 3 500 человек организационно включает бригаду МП, группу амфибийной поддержки и силы спецназ МП. Бригада состоит из трех батальонов (бмп). В 3 бмп входит группа огневой поддержки, оснащенная 122-мм гаубицами и 120-мм минометами, и рота инженерного обеспечения. Группа амфибийной поддержки располагает двумя батальонами: десантно-высадочных средств и автотранспортным. Силы спецназ включают роту коммандос и специальное подразделение по борьбе с терроризмом. Кроме того, имеются батальоны МП, предназначенные для действий в джунглях (дислоцируются в районе ВМБ Икитос и Пукальпа).

Морская авиация располагает шестью противолодочными вертолетами <Агуста> АВ-212, тремя <Агуста - Сикорский> ASH-3D <Си Кинг>, базирующимися на фрегатах УРО, четырьмя учебными вертолетами Белл 206В и двумя поисково-спасательными Белл 412 ЕР. В качестве базовых патрульных используются пять самолетов <Бичкрафт Супер Кинг Эйр 200Т>. Кроме того, имеются четыре транспортных вертолета Ми-8Т и три самолета <Фоккер> F-27-200, использующихся в береговой охране.

Долгосрочные планы модернизации ВМС. В виду отсутствия реальных возможностей существенного увеличения ассигнований на программы развития флота в ближайшие годы командование ВМС откладывает осуществление наиболее важных проектов на более дальние сроки (на период, по крайней мере, после 2015 года). К таким проектам относится закупка новых дизель-электрических подводных лодок, боевых надводных кораблей (фрегатов, специальных патрульно-разведывательных и минно-тральных кораблей), а также судов подвижного тылового обеспечения. Еще недавно считавшемуся приоритетным проекту приобретения ПЛ типа <Скорпин> не суждено осуществиться. Реально выход ВМС Перу на мировой рынок новых подводных лодок может состояться, по прогнозам командования, не ранее 2012 года, ракетных катеров (корветов) - к 2014-му, а новых фрегатов к 2016 году. К тому времени, когда новые корабли войдут в боевой состав флота (а это ориентировочно 2020, 2022 и 2024 годы), действующие в настоящее время корабли соответствующих классов достигнут предельных сроков службы (30 и более лет). Планы приобретения минно-тральных и патрульно-разведывательных кораблей, отсутствующих до сего времени в составе флота, пока неопределенны.

Командование ВМС рассчитывает на развитие и собственных (национальных) судостроительных возможностей (ввиду дешевой рабочей силы в стране), однако без иностранной помощи в оснащении будущих кораблей современными системами вооружения и боевого управления вряд ли удастся обойтись. Принимается в расчет и расширение взаимодействия с ВМС соседних по региону стран в сферах борьбы с международным терроризмом и преступностью (нелегальной торговлей наркотиками, оружием и т. п.).

В феврале 2008г. ВМС Перу приняли на вооружение новый корабль для патрулирования внутри территориальных вод в русле Амазонки - бронированную канонерку Manuel Clavero.

Одновременно с принятием нового корабля было проведено прощание со старой канонеркой Loreto, которая состояла на вооружении ВМС страны с 1935 года. Бронированная канонерка Manuel Clavero - первый из серии речных кораблей, которые должны постепенно заменить боевые корабли типа Loreto. На вооружении ВМС Перу остаются еще три старые канонерки: Amazonas, Maranon, Ucayali. Замена судов проводится в рамках проекта 1080.

Manuel Clavero была специально разработана на перуанской верфи SIMA для действий на Амазонке и ее притоках. Водоизмещение корабля - 344 тонны, длина - 45,7 метра, ширина - 10,6 метра. Максимальная скорость - 14 узлов. Корабль может в течение 15 дней действовать без захода в порты. Носовая часть корабля выполнена из сварных бронированных листов. На корабле установлено несколько пулеметов, автоматических гранатометов, а также ПЗРК. Основной задачей нового корабля Manuel Clavero, как и его предшественников, будет охрана подходов к речным портам Геппи (Gueppi), Эстречо (Estrecho), Эль-Аламо (el Alamo), Чимботе (Chimbote) и Санта Роза (Santa Rosa), расположенных на реке Амазонка.

В 2009г. ВМС Перу намерены завершить закупку восьми вертолетов "Си Кинг", двух бывших в эксплуатации итальянских фрегатов и двух танкодесантных кораблей класса "Ньюпорт" общей стоимостью 110 млн долларов США.

Корабль ВМС Перу «Мольендо» в порту Владивосток с дружественным визитом. 4 марта 2008г.

Цель, которую планирует достичь руководство ВМС Перу, заключается в обеспечении максимальной боеспособности и сбалансированности всех компонентов флота, способного в будущем адекватно реагировать на любые национальные и внешние угрозы безопасности страны и мирового сообщества в целом. Перу надеется увеличить свой вклад в урегулирование локальных и региональных кризисов, а также в миротворческую деятельность, в том числе и силами флота, боевая готовность которого будет определяться прежде всего необходимостью обеспечения территориальной целостности, национальной безопасности и способностью участия в международных операциях.